Отлично, а скорость в момент нажатия на педаль сцепления какая была? У деталей коробки тоже есть инерция, если первичный вал вращался с большой скоростью в момент выключения сцепления и потом осуществлялось торможение - в момент попытки воткнуть передачу пониже разница между скоростями ведущей и ведомой частей включаемой передачи будет немаленькой. Поэтому правильно - выжимать сцепление только в конце торможения: это не только увеличивает эффективность вакуумного усилителя, но и снижает нагрузку на синхронизаторы.
Более подробно принцип работы синхрона описан вот тут:
Статья о синхронизаторахВозможно, уже немного подустали шлицы на синхронах, поэтому со временем такое явление становится заметнее. Но я бы не сказал, что это веский повод перебирать коробку, а блокирующие кольца на первую-вторую обойдутся тысяч в 5 за каждый комплект - они двухконусные. Дорого и сомнительно, учитывая, что можно ещё долго ездить без проблем.
Также замечу: у Вас очень надёжная коробка (в сравнении с реношными, с автовазовскими и много-какими-ещё), но она всё равно предназначена не для "гоночной" манеры езды, поэтому при постоянных переключениях "ударным методом" тоже будет совсем не вечной.